Журнал «Высшее образование в России» создан приказом Госкомитета по высшей школе в 1992 г. До 2003 г. учредителем журнала было Министерство образования РФ, затем МГУП имени Ивана Федорова и Ассоциация технических университетов. В настоящее время учредителями журнала являются Московский политехнический университет, образованный путем слияния Университета машиностроения (МАМИ) и Московского государственного университета печати имени Ивана Федорова (МГУП) в соответствии с приказом Минобрнауки России от 21 марта 2016 года, и Ассоциация технических университетов. С 2004 по 2009 гг. журнал выходил ежемесячно, с 2010 г. выходит 11 раз в год.